Yeni bir index dosyası (index.html, index.php vs) oluşturup tekrar yerine ikame edersin.
Bu tür durumlar için dosyanın bir kopyasının da bilgisayarında bulunmasında fayda var.
Eğer giriş dizinini silmiş isen (ki pek ihtimal vermiyorum, çünkü bu dizinin korumalı olması gerekir) server ve panel tipine göre yine yenisini oluşturur, içindeki dosyaları tekrar atarsın.